De krappe huisvesting en vooral de snelle groei maken vleeskippen bevattelijk voor allerlei ziektes. Die worden onderdrukt door op voorhand medicijnen te mengen door het voer. Daar schuilt een groot gevaar in: daardoor kunnen er makkelijk bacteriën ontstaan die bestand zijn tegen die antibiotica. En daarmee kunnen die medicijnen dus waardeloos worden.
Sommige ziekteverwekkende organismen kunnen bovendien overgaan van dieren op mensen. Bij de uitbraak van de klassieke vogelpest in 2003 werden ook enkele mensen ziek van het virus, met in een enkel geval de dood als gevolg. In zuid-oost Azië zijn diverse mensen overleden door de vogelpest.
De overheid heeft daarom halverwege 2012 de gehele veehouderij op het hart gedrukt om nu echt werk te maken van een lager antibioticagebruik. Jaren geleden werd zo'n oproep ook al gedaan.
Kijk ook bij multiresistente bacteriën.
Salmonella
Ondanks dit gebruik van antibiotica dragen kippen vaak salmonellabacteriën bij zich. Daar hoeft de kip zelf geen last van te hebben, maar na de slacht kunnen de bacteriën lekker doorgroeien. Wie geen voedselinfectie wil oplopen, doet er daarom goed aan thuis zijn kipfilet goed te doorbakken.